Update: https://support.microsoft.com/en-us/kb/3186654 (“Description of Update Rollup 1 for System Center Configuration Manager current branch, version 1606”), welches über \Administration\Overview\Cloud Services\Updates and Servicing zu Verfügung steht, behebt unter anderem dieses Problem.
Es gibt bei Configuration Manager (ConfigMgr) Current Branch 1606 (und ggfs. auch bei den Vorgängerversionen 1511 und 1602) einen Bug, der nur bei Verwendung von Endpoint Protection zum Tragen kommt. Die Inbox <InstDir>\inboxes\epmgr.box\process füllt sich mit ca. 25MB großen *.EPP-Files, die nach der Verarbeitung eigentlich automatisch gelöscht werden sollten. Die Product Group hat dies als Bug bestätigt, ein Hotfix ist in Arbeit und die Dateien können gefahrlos gelöscht werden:
